病理科每年诊断逾万例各种消化系统病例，在消化道早癌及内镜超声穿刺病理诊断方面积累了丰富的经验。通过与消化科深度合作，开展消化道早期癌联合诊治项目，建立了良好完善消化道早期癌的内镜-病理诊治新的工作模式。此外还在炎症性肠病病理诊断，胃肠道间质瘤(GIST)的病理诊断，胃癌HER2蛋白扩增评估等方面具有丰富的诊断经验。